Có một số chi tiết trong Naruto đã được thay đổi để phù hợp với quá trình phát triển của câu chuyện hơn.
Đã gọi là series anime và manga nên phải có sự tiếp nối hoặc nhất quán, đặc biệt là một bộ truyện kéo dài hàng năm trời. Thông thường mangaka đã lên sẵn khung câu chuyện và có sẵn nền tảng câu chuyện cần được phát triển.
Tuy nhiên, cũng có trường hợp câu chuyện hoặc thông tin trong truyện bị tác giả thay đổi đột ngột, thường là do bắt đầu không phù hợp hoặc để mở rộng câu chuyện.
Dưới đây là 5 thông tin quan trọng trong Naruto đã bị tác giả Kishimoto thay đổi đột ngột trong quá trình phát triển tác phẩm:
1. Kurama và Shukaku ban đầu là hai quái vật thuộc loại khác nhau
Nếu bạn chưa biết, Kishimoto rất thích các nhân vật dưới dạng động vật hoặc quái vật, đó là lý do tại sao anh ấy tạo ra quái vật trong Naruto. Ban đầu Kurama và Shukaku là hai quái vật thuộc loại khác nhau, thậm chí thuật ngữ Bijuu vẫn chưa thực sự được sử dụng trong những ngày đầu của câu chuyện.
Đúng là Kurama được gọi là Kyuubi hoặc Cửu Vĩ, cho thấy rằng còn có những con thú có đuôi khác. Nhưng vào thời điểm đó thì không phải vậy, cái tên này được lấy ý tưởng và tham khảo từ thần thoại Kyuubi no Kitsune , hay còn gọi là Cáo Cửu Vĩ ở Nhật Bản.
Điều này cũng được thể hiện từ sự xuất hiện ban đầu của Shukaku, nó chưa được coi là 1 Bijuu. Ví dụ như Gaara có một chiếc áo choàng chakra khác hoặc Shukaku không sử dụng Bijuu-dama. Chưa kể Shukaku vẫn bình thường như thể không biết khi thấy Kurama thoát ra khỏi cơ thể Naruto.
2. Khái niệm "Jinchuuriki" về sau mới có
Đúng là Akatsuki đã được giới thiệu từ khi Naruto còn nhỏ và nhiệm vụ của họ là bắt Naruto - kẻ đang bị phong ấn quái vật Cửu vĩ trong người. Nhưng khái niệm về Jinchuuriki hay những người có cơ thể được dùng làm vật chứa Bijuu chỉ xuất hiện vào cuối phần 1 của Naruto (khi Naruto còn nhỏ) và phổ biến hơn vào đầu Shippuden.
Trước đây Naruto chưa bao giờ được gọi là Jinchuuriki vì khi ấy chưa có khái niệm này.
3. Hạn chế sử dụng Chidori và Raikiri không nhất quán
Quay trở lại thời điểm Naruto còn nhỏ, có một số nhẫn thuật được nhắc đến là những kỹ thuật mạnh mẽ và nguy hiểm nên có giới hạn cho việc sử dụng chúng mỗi ngày. Ví dụ khi ấy Sasuke chỉ có thể sử dụng Chidori hai lần một ngày vì nó tiêu tốn rất nhiều chakra, trong khi Kakashi chỉ có thể sử dụng Raikiri bốn lần một ngày vì lý do tương tự.
Sang đến Shippuden, hạn chế này dường như được vứt bỏ vì Sasuke và Kakashi không còn bị hạn chế trong việc sử dụng 2 kỹ thuật trên, họ có thể sử dụng thoải mái và theo nhu cầu của câu chuyện. Đúng là Sasuke và Kakashi có thể trở nên mạnh mẽ hơn trong vòng 2 năm, nhưng giới hạn chakra của một người đáng nhẽ vẫn là lý do tại sao hai kỹ thuật mạnh mẽ kia bị hạn chế sử dụng hàng ngày, vì vậy sự thay đổi này cũng có cảm giác đột ngột.
4. Khái niệm Naruto từ một đứa trẻ bất hạnh mạnh lên nhờ chính nỗ lực bản thân trở thành "Hậu duệ của Asura Otsutsuki"
Nếu có thể nhận xét một cách trung thực, đây là một sự thay đổi về khái niệm và thông tin mà nhiều người không thích nhất trong bộ truyện Naruto. Ban đầu Naruto Uzumaki được giới thiệu là một đứa trẻ đáng thương, yếu đuối, không có gì, nhưng cậu đã cố gắng rất nhiều để trở nên mạnh mẽ hơn bằng chính những nỗ lực của mình. Đó là một khái niệm ổn và rất tỏa sáng.
Khoảnh khắc tỏa sáng là khi Naruto luyện tập và biến sức mạnh của Kurama có trong cơ thể anh ta thành sức mạnh của chính mình. Nhưng kể từ khi gia tộc Otsutsuki được giới thiệu, mọi thứ đã thay đổi. Nó chỉ ra rằng Naruto được định mệnh sắp đặt để có được thứ sức mạnh to lớn, bởi vì anh ta là tái sinh của Asura Otsutsuki.
5. Kaguya bỗng nhiên xuất hiện và trở thành trùm cuối
Đây cũng là dường như là chi tiết được thay đổi đột ngột, hoặc là để kéo dài câu chuyện, mở rộng câu chuyện bằng cách có sự góp mặt của gia tộc Otsutsuki, hoặc muốn khiến Madara được "tha thứ" ở cuối truyện vì anh ta cũng bị lợi dụng.
Sự thay đổi cốt truyện này đã khiến nhiều fan khó mà thích ứng, vì Madara ban đầu được coi là kẻ thù cuối cùng nguy hiểm và mạnh mẽ, ai cũng tin là như vậy. Thế mà đột nhiên hóa ra Madara - người đã thao túng Obito và Nagato cũng chỉ là con rối được sử dụng bởi Kaguya. Sau đó xuất hiện nhân vật mới Kaguya Otsutsuki - người trở thành kẻ thù cuối cùng của bộ truyện.