Trong anime, rất nhiều nhân vật phản diện tỏa sáng hơn so với những gì chúng được thể hiện trong game.
1. Hunter J
Hunter J là một trong những phản diện khó chịu từng xuất hiện trong anime. Cô ta bắt cóc các Pokémon và bán chúng đi với giá cao trên thị trường chợ đen. Cô ta là một kẻ máu lạnh, sẵn sàng làm tất cả để đạt được mục đích và gạt bỏ những gì cản đường mình.
Dù vậy, J vẫn rất được ưa thích bởi những món đồ chơi công nghệ cùng sự nguy hiểm của cô ta. Cô ta không phải nhân vật sinh ra để tấu hài, mà là một phản diện cool ngầu thật sự. Dù vậy, việc J có tiếp tục xuất hiện trong anime nữa hay không vẫn là một dấu chấm hỏi, bởi người xem vẫn chưa biết cô ta còn sống hay đã chết.
2. Guzma
Lạnh lùng và đầy toan tính, Guzma là một trong những tay chơi Pokémon thật sự đáng sợ. Hắn ta quan sát và phân tích điểm yếu của đối thủ, rồi sau đó tấn công thẳng vào điểm yếu của chúng. Mặc dù có biệt danh là "kẻ bất bại", thế nhưng Guzma chỉ chọn những kẻ yếu hơn để nhắm vào, thay vì chọn chiến đấu với những người có kinh nghiệm.
Trong con mắt của nhiều người, Guzma giống như một gã bắt nạt hơn là một nhân vật phản diện thực sự. Hắn chưa bao giờ hiểu rõ sức mạnh của Z-Ring từ khi còn nhỏ, thế nên đến giờ hắn vẫn chưa được sở hữu nó. Đến khi trưởng thành, hắn chỉ biết bắt nạt những kẻ yếu hơn để tự bản thân cảm thấy tốt hơn.
3. Colress
Khác với phiên bản game, Colress đóng một vai trò quan trọng trong anime. Hắn là một trong những nhà khoa học xuất sắc nhất của Team Plasma, nếu không muốn nói là tốt nhất. Dù rất lịch sự và trang trọng, thế nhưng Colress khá lạnh lùng và xa cách.
Colress không hứng thú lắm với mục tiêu của Team Plasma, thay vào đó hắn sử dụng những gì hắn có với biệt đội này để thực hiện nghiên cứu của chính mình - thao túng tiềm thức của Pokémon để đem tới sức mạnh thật sự. Rất nhiều khán giả đã tò mò và muốn xem xem Colress có thể thực hiện mục tiêu của mình tới mức độ nào.
4. Faba
Xuất hiện ban đầu, Faba là một kẻ vô cùng drama và cũng rất xấu tính. Hắn là kẻ gây nên chứng sợ Pokémon với Lillie, nhưng cũng sợ hãi rằng bị Lusamine phát hiện. Về sau, Faba dường như cải tà quy chính và trợ giúp đáng kể cho đội của Ash. Về cuối phim, gã còn trở thành một trong những nhân vật được yêu thích nhất trong phần anime Sun & Moon.
5. Lysandre
Theo nhiều fan, Lysandre trong anime thú vị hơn so với trong game. Nếu như vai trò của hắn trong game khá mờ nhạt, mục tiêu cũng khó hiểu, gần như là đáng quên thì trong anime, gã tỏa sáng hơn hẳn. Gã thật sự rất nguy hiểm cùng tính cách tự cao tự đại. Đồng thời, câu chuyện của hắn khiến khán giả hứng thú hơn và dần dần nhận ra mục đích phía sau của gã.