Rất nhiều người biết tới Contra, nhưng không phải ai cũng biết được cốt truyện bi kịch của nó.
Sẽ chẳng quá nếu nói rằng vào những năm 90 của thế kỷ trước, Contra đã là một trong những tựa game quốc dân mà ai ai cũng biết tới trên hệ máy NES, hay còn được gọi là điện tử 4 nút bấy giờ. Ở cái thời mà các bộ máy tính còn là xa xỉ và thuật ngữ PC Gaming chưa ra đời thì chính những Contra, Ninja cứu mẹ, Chip & Dean mới là chân ái của mọi game thủ ngày ấy. Được rất nhiều người biết tới, cũng không ít lần từng phá đảo và còn thuộc cả cheat code 30 mạng huyền thoại, thế nhưng, không phải ai cũng biết rằng, thực tế Contra lại sở hữu cho mình một cốt truyện đầy bi kịch.
Cốt truyện của Contra bắt đầu vào thì tương lai, cụ thể là năm 2633 khi hai chiến binh Bill Rizer và Lance Bean được điều động tới một hòn đảo để ngăn chặn tổ chức khủng bố. Bên cạnh việc phải đối mặt với những vũ khí tối tân hiện đại, Bean và Rizer còn phải đương đầu với cả những sinh vật ngoài hành tinh nguy hiểm. Sau cùng thì họ cũng hoàn thành nhiệm vụ được giao, phá hủy hòn đảo và rút về trong an toàn. Tuy nhiên, mọi thứ chưa dừng lại ở đó. Cảm thấy việc sở hữu một cốt truyện có phần hơi đơn giản là bất công với đứa con cưng của mình, Konami đã tiếp tục viết tiếp Contra bản mới với cái tên "Shattered Solier" trên hệ máy PlayStation 2, đồng thời tạo ra không ít những tình tiết ly kỳ mới.
Thế giới không yên bình khi mà tổ chức khủng bố Falcon lại trỗi dậy. Trước đó, một vụ nổ kinh hoàng xảy ra, cướp đi sinh mạng của Lance Bean và 80% dân số thế giới. Bill Rizer bị kết tội cho thảm kịch này, đồng thời nhận án tù 10.000 năm tại một nhà tù tinh thể. Tuy nhiên, sự xuất hiện của Falcon thêm một lần nữa khiến Bill được "ra trại" sớm. Và sự thật mà Bill khám phá ra sau đó đã khiến tất cả bất ngờ. Chính lòng tham của chính quyền thế giới - nơi anh phục vụ đã dẫn tới sự xâm lấn của bầy Ailen - sinh vật ngoài hành tinh. Và để giải quyết vấn đề này, vụ nổ kinh hoàng ở bên trên được diễn ra, còn Bill, trở thành "vật tế thần" và bị đổ tội.
Dường như để thêm phần drama, tới kết thúc, Konami mới cho Bill phát hiện ra một Project C với âm mưu hủy diệt toàn thế giới. Nhưng thực tế thì Bill cũng đã hy sinh từ lâu, còn phiên bản mà bạn sử dụng để cứu thế giới chỉ là một bản sao, sinh vật nửa người nửa máy. Bản chính thì đã chết từ 2000 năm trước rồi. Và cuối cùng thì cả Lance Bean lẫn Bill Rizer - hai vị anh hùng trong Contra phần đầu đều đã hy sinh, nhưng thế giới thì được an toàn.