Pokémon Crystal bổ sung rất nhiều cơ chế mới và góp phần hoàn hảo cả trải nghiệm của game thủ một cách xuất sắc.
1. Cơ chế Ngày - Đêm
Cơ chế Ngày - Đêm có thể là một thứ khá phổ biến và quen thuộc trong các trò chơi RPG ở thời điểm hiện tại, tuy nhiên ở thời đại cách đây 20 năm và trên một hệ máy chơi game cầm tay thì rất đáng nể. Quả thực, đây là một tiến bộ lớn của việc lập trình và phát triển game thời đó..
Mặc dù đây không phải là yếu tố mới duy nhất mà GameFreak làm được trên Game Boy Color, nhưng đây là 1 trong những thứ đáng được ghi nhận nhất. Trong các game Pokémon hiện đại, ý tưởng này đã được triển khai một cách mượt mà hơn và đóng vai trò đáng kể vào trong vùng Wild Area của đại lục Galar trong tựa game Sword & Shield.
2. Bổ sung 100 Pokémon mới
Dù không được bổ sung quá nhiều Pokémon mới như trong các tựa game khác, thế nhưng con số 100 dường như là khá phù hợp với Crystal. Con số này là vừa đủ để người chơi có thể khám phá và nghiên cứu từng loài, với hàng loạt những tiến hóa và tiền tiến hóa của các loài Pokemon cũ khiến cho khá nhiều người cảm thấy thích thú.
Ngoài ra, Crystal còn sản sinh ra vô số Pokémon thú vị, và vẫn được các fan của Pokémon yêu thích cho đến tận bây giờ, chẳng hạn như Heracross, Umbreon hay thậm chí là Tyranitar.
3. Sự xuất hiện của Pokémon Shiny
Việc săn lùng các Pokémon Shiny dường như đã là thú vui của các fan hâm mộ ngày nay. Game thủ đã làm nhiều cách khác nhau để có thể sở hữu được những Pokémon phát sáng này, chẳng hạn như sử dụng cơ chế bắt Pokémon lắp lại, hoặc là sinh nở theo "phương pháp Masuda".
Một điều đáng nhớ ở đây chính là việc các Pokémon "phát sáng" xuất hiện lần đầu chính là ở phiên bản Crystal. Hồi đó, thậm chí chúng còn chưa phát sáng mà chỉ đơn giản là Pokémon đổi màu mà thôi. Tuy nhiên, Pokémon Shiny còn đóng 1 vai trò quan trọng trong cốt truyện nữa.
4. Những cơ chế và tính năng nền tảng cho cả dòng game
Crystal và các phiên bản thế hệ thứ 2 không chỉ "nâng cấp" những tính năng trong bản đầu tiên mà còn góp phần xây dựng những tính năng phải nói là nền tảng của cả dòng game Pokémon và cả các bản game sau này.
Những tính năng đó bao gồm: Pokémon Shiny, những trái Pokeball đặc biệt, hệ thống tiến hóa sáng tạo, tái đấu với các đối thủ, các Pokémon huyền thoại di chuyển toàn bản đồ, hệ thống tình bạn - hạnh phúc dành cho Pokémon, v.v... Rõ ràng, sự đóng góp của Crystal và các phiên bản thế hệ thứ 2 là không thể phủ nhận.
5. Phần game mở rộng sau khi đã hoàn thành
Nếu tại Pokémon Red & Blue, bạn chỉ cần phải đánh Elite Four và trở thành nhà vô địch mới là xong game thì sang tới bản tiếp theo, mọi thứ lại trở nên thú vị hơn rất nhiều. Game được mở rộng ra và làm phần hậu phá đảo trở nên to lớn và độc đáo hơn bất kỳ mà người ta từng nghĩ ra về Pokémon.
Theo đó, sau khi hoàn thành trò chơi lần đầu, người chơi có thể quay lại đại lục Kanto và giành lấy 8 huy hiệu tại đại lục này. Điều đó có nghĩa là bạn được hoàn thành chuyến hành trình Pokémon đầy thú vị lần thứ 2 và sau đó là pha chạm trán với Red trên đỉnh của núi Silver.